Mitra Sains berdiri sejak tahun 2013 (ISSN: 2302-2027). Terbitan Mitra Sains berupa edisi cetak berlangsung hingga 2015. Selanjutnya jurnal ini memilki edisi online sejak 2015. Hingga 2019, Jurnal Mitra Sains memiliki scope tidak hanya pada bidang pertanian dan sosial ekonomi pertanian, tetapi juga bidang pendidikan sains. Sejak Tahun 2020, jurnal ini membatasi scopenya hanya pada bidang pertanian dan ekonomi pertanian. Pada Bulan Juni 2019, jurnal Mitra Sains mengalami gangguan server dan tidak dapat diakses. Jurnal ini kemudian diperbaharui pada alamat URL baru dengan server berbeda. Tampilan jurnal juga telah diperbaharui. Sejak edisi Maret 2020, jurnal ini resmi memiliki E-ISSN: 2686-6579.